L'FC Merkuur Tartu è una squadra di calcio estone con sede a Tartu. Fondato nel 1923, è uno dei club più antichi del paese. Il Merkuur gioca le sue partite casalinghe allo stadio Tartu Kalevi Keskstaadion.
Il Merkuur ha vinto il campionato estone tre volte, nel 1936, nel 1938 e nel 1943. Ha anche vinto la Coppa d'Estonia una volta, nel 1939.
A livello internazionale, il Merkuur ha partecipato alla Coppa delle Coppe UEFA nel 1997-98, venendo eliminato al primo turno dal MyPa.
Il Merkuur è una squadra molto popolare a Tartu e ha una forte rivalità con il Tammeka Tartu.
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