Istanbul Basaksehir

La squadra nacque nel 1990 con il nome di ISKI SK. L'ISKI SK militò nel 1990-1991 nel campionato della regione di Istanbul e ottenne la promozione in TFF 2. Lig, la terza serie del campionato turco. Dopo la promozione la squadra cambiò nome in İstanbul Büyükşehir Belediyesi Spor Kulübü (İstanbul B.B.), club di cui divenne la sezione calcistica.

La squadra militò nella terza serie turca sino al 1996, da cui guadagnò qualche anno dopo la promozione in TFF 1. Lig, la seconda divisione turca.

Nel 2006-2007, sotto la guida dell'allenatore Abdullah Avcı, il Başakşehir ottenne la promozione in Süper Lig, la massima serie turca, in cui esordì nel 2007-2008 con un ottimo dodicesimo posto e una salvezza tranquilla. La squadra si consolidò dunque in massima serie, chiudendo al nono posto la stagione 2008-2009, con un organico che annoverava Okan Buruk, İbrahim Akın, Marquinhos e Gökhan Süzen. Nel 2009-2010 la compagine di Istanbul fece di meglio, raggiungendo il sesto posto finale e i quarti di finale di Coppa di Turchia, mentre nella stagione 2010-2011 si piazzò dodicesima e arrivò in finale di Coppa di Turchia, dove fu sconfitta allo Stadio Kadir Has di Kayseri dal Beşiktaş per 4-3 ai tiri di rigore (2-2 dopo i tempi supplementari). L'annata 2011-2012 vide l'avvicendamento in panchina tra Avcı e Arif Erdem, subentrato nel novembre 2011 e capace di condurre i suoi al sesto posto finale. La retrocessione avvenne, tuttavia, al termine della travagliata stagione 2012-2013, in cui il Başakşehir esonerò il primo tecnico straniero della propria storia, il portoghese Carlos Carvalhal, già a novembre, rimpiazzandolo con Bülent Korkmaz. A nulla valse il cambio in panchina: la squadra cadde in seconda serie a causa della sconfitta all'ultima giornata (2-1) contro il Kasımpaşa, chiudendo al sedicesimo posto in classifica.

Fu Cihat Arslan a raccogliere le redini della squadra. Il ritorno in massima serie fu immediato, grazie alla vittoria del campionato di seconda divisione nel 2013-2014, grazie anche ai gol del bomber Mehmet Batdal, autore di 13 reti in 31 partite, e a un bilancio di 25 vittorie, 6 pareggi e 6 sconfitte. Nel giugno 2014 il club mutò nome in İstanbul Başakşehir F.K. e un mese dopo si trasferì nel nuovo Stadio Başakşehir Fatih Terim, impianto da poco più di 17 000 posti. Dalla stagione 2014-2015 il club milita nella Süper Lig, la massima divisione del campionato turco.

Il 25 maggio 2015 il club firmò un contratto quadriennale di sponsorizzazione con Medipol Eğitim ve Sağlık Grubu (Medipol Education and Health Group), mutando nome in Medipol Başakşehir Futbol Kulübü.

Nel 2014-2015 e 2015-2016, prime due annate in massima serie dopo la nuova promozione, la squadra ottenne il quarto posto finale. Nel 2016-2017 ha conseguito un prestigioso secondo posto, mentre l'anno dopo è giunta terza. Nell'annata 2018-2019, dopo aver condotto a lungo la classifica, perde il primato alla penultima giornata, quando viene sconfitta per 2-1 in casa dei diretti rivali del Galatasaray; chiude la stagione al secondo posto.

Nella stagione 2019-2020, sotto la guida del tecnico Okan Buruk, si laurea campione di Turchia per la prima volta nella sua storia, aggiudicandosi il titolo alla penultima giornata. È la terza squadra al di fuori delle tre grandi di Istanbul a vincere il campionato turco.

La stagione 2020-2021 è molto sottotono: il club naviga poco sopra la zona retrocessione e solo un buon finale di campionato consente di chiudere al dodicesimo posto con 48 punti. In Champions League la squadra si piazza ultima nell'impegnativo girone con Manchester Utd, RB Lipsia e Paris Saint-Germain, ottenendo solo una vittoria contro gli inglesi. Nel campionato 2021-2022 conclude al quarto posto e l'anno dopo al quinto.