L'FC Zlín B è una squadra di calcio ceca con sede a Zlín, che attualmente gioca nella Moravian-Silesian Football League, il terzo livello del campionato di calcio ceco. È la squadra di riserva dell'FC Fastav Zlín.
La squadra è stata fondata nel 1924 come SK Zlín B e ha giocato nelle serie inferiori del campionato cecoslovacco. Dopo la dissoluzione della Cecoslovacchia nel 1993, la squadra è entrata a far parte della Moravian-Silesian Football League.
L'FC Zlín B ha vinto la Moravian-Silesian Football League due volte, nel 2010-11 e nel 2014-15. Tuttavia, la squadra non è riuscita a ottenere la promozione in seconda divisione perché non è riuscita a soddisfare i requisiti della lega.
L'FC Zlín B ha anche partecipato alla Czech Cup, raggiungendo il terzo turno nel 2014-15. La squadra è attualmente gestita da Roman Pivarník.
Alcuni dei giocatori più famosi che hanno giocato per l'FC Zlín B includono Tomáš Necid, Marek Jankulovski e Zdeněk Pospěch.
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