Istra 1961

Il club fu fondato nel 1948 come polisportiva aziendale in seno al cantiere navale Uljanik con la denominazione di NK Uljanik (i giornali della minoranza italiana in Jugoslavia la chiamavano "Scoglio Olivi" dal nome italiano del cantiere in questione). Tra i soci fondatori vi erano anche due ex giocatori del Grion di Pola, Angelo Dicovich e Giordano Terlon. La sezione calcistica, nella quale militò dal 1951 al 1955 Aldo Drosina, partì dai campionati repubblicani croati, disputando diverse stracittadine con la rivale NK Pula, società sorta nel novembre 1947 con la denominazione di S.C.F. Pola dalla fusione tra U.S. Operaia e S.C.F. Proletario (anche noto con il nome croato di NK Proleter). Nel corso degli anni cinquanta militò occasionalmente anche nelle leghe inter-repubblicane: nella stagione 1954-1955 disputò la lega sloveno-croata (terzo livello della piramide calcistica jugoslava) mentre nelle stagioni 1956-1957 e 1957-1958 militò nella I zona del secondo livello jugoslavo, affrontando squadre slovene e croate. Nelle stagioni 1959-1960 e 1960-1961 l'Uljanik sfiorò la promozione nella Seconda Lega (Druga Liga) jugoslava mancandola ai playoff tra le vincenti dei vari gironi. Il 1 agosto 1961 l'Uljanik si fuse con il NK Pula fondando il Nogometni klub Istra. Nel 1964, tuttavia, l'Uljanik fu ricostituito ripartendo dalle serie minori a livello locale. Negli anni ottanta il club risalì nel massimo campionato repubblicano croato disputando numerose stracittadine con l'Istra.

Con l'indipendenza della Croazia del 1991, il NK Uljanik fu ammesso al campionato di 2.HNL, il secondo livello della piramide calcistica croata, dove rimase fino al 1998, anno della retrocessione in 3.HNL. Nel 2001 avvenne la risalita in 2.HNL con la vittoria del campionato di Terza Lega. Nella stagione 2002–2003, allenato da Elvis Scoria, il club riuscì nell'impresa di raggiungere la finale di Coppa di Croazia, perdendola tuttavia contro la blasonata compagine dell'Hajduk Spalato. Si tratta della prima e unica occasione, nella storia del calcio croato, in cui una squadra di 2.HNL sia riuscita a raggiungere la finale di coppa.

Nella stagione 2003-2004 il club, allenato dal Igor Pamić, conquistò la prima storica promozione nel massimo campionato croato, vincendo il girone Sud della 2.HNL e battendo il Međimurje (0-2, 2-0) ai play-off ma solo ai tiri di rigore. Al debutto in 1.HNL nella stagione 2004-2005, il club riuscì a ottenere la sua prima vittoria in massima serie contro l'Osijek alla quarta giornata. Il club perse solo un incontro interno, ma non riuscì a ottenere vittorie in trasferta. Terminata la regular season al decimo posto, conquistarono la salvezza ai play-out. Nel campionato 2005-2006, in seguito a una pessima partenza, l'allenatore Pamić fu esonerato e sostituito da Milivoj Bračun. Sotto il nuovo allenatore i risultati del club migliorarono, ma nel corso della seconda parte della stagione Bračun si dimise venendo sostituito da Krunoslav Jurčić. Il club si classificò in settima posizione.

Nel corso dell'estate Jurčić fu esonerato e sostituito da Stjepan Deverić il quale tuttavia si dimise prima dell'inizio del campionato a causa di contrasti con la dirigenza. Gli subentrò Branko Tucak, il quale, tuttavia, dopo una pessima partenza in campionato e contrasti con i giocatori, fu esonerato e sostituito da Krunoslav Jurčić. Nel frattempo il club, in difficoltà economiche, rischiava di fallire, ma l'intervento del governatore dell'Istria e l'arrivo di nuovi sponsor scongiurarono la bancarotta, mentre Darko Jergović assunse la presidenza della società. La stagione 2006-2007 si concluse con la retrocessione del club in 2.HNL a causa dell'undicesimo posto che condannò la squadra ai play-out poi persi contro lo Zara (3-0, 2-3).

Valdi Šumberac fu ingaggiato come allenatore. Nel frattempo il gruppo di ultras locali dei Demoni, precedentemente sostenitori della compagine concittadina dell'Istra, decisero di tifare per il club, affermatosi ormai come la prima squadra cittadina in seguito al declino della squadra rivale, divenendone il primo gruppo ultras. Alla fine di agosto 2007 la dirigenza assunse Elvis Scoria come nuovo allenatore, mentre Šumberac rimase come assistente. L'Istra non riuscì a centrare l'obiettivo promozione classificandosi al terzo posto. Nella stagione 2008-2009 il club vinse il campionato di 2.HNL e ritornò in 1.HNL.

Negli anni successivi il NK Istra riuscì a rimanere stabilmente nel massimo campionato croato, seppur con piazzamenti da bassa classifica e con la retrocessione spesso evitata a stento, e nella stagione 2013-2014 riuscì a raggiungere le semifinali di Coppa di Croazia. Nel giugno 2018, il NK Istra fu acquisito dal gruppo Baskonia-Alaves, che comprò l'85% delle azioni del club. Il 14 aprile 2021 l'Istra 1961 riuscì a qualificarsi alla finale di Coppa di Croazia, grazie alla vittoria per 3-2 sul Rijeka in semifinale. Tuttavia persero la finale contro la Dinamo Zagabria per 6-3.