L'MD Nagasaki (MD長崎) è una squadra di calcio giapponese con sede a Nagasaki, nella prefettura di Nagasaki. Fondata nel 2005, disputa le proprie partite casalinghe al Transcosmos Stadium Nagasaki.
L'MD Nagasaki è stata promossa in J2 League, la seconda divisione del campionato giapponese, per la prima volta nel 2013, dopo aver vinto il campionato di J3 League. Ha partecipato alla J2 League per tre stagioni, fino a retrocedere in J3 League al termine della stagione 2015.
Nel 2017, l'MD Nagasaki ha vinto nuovamente il campionato di J3 League, tornando in J2 League dopo un'assenza di due anni. La squadra ha ottenuto il terzo posto nella J2 League 2018, qualificandosi per i play-off promozione-retrocessione, ma è stata sconfitta dal V-Varen Nagasaki nei quarti di finale.
Nella stagione 2019, l'MD Nagasaki ha concluso il campionato di J2 League al quarto posto, qualificandosi nuovamente per i play-off promozione-retrocessione. Questa volta, la squadra ha raggiunto la finale, dove è stata sconfitta dal Kashiwa Reysol, mancando la promozione in J1 League.
L'MD Nagasaki ha partecipato alla Coppa dell'Imperatore in diverse occasioni, raggiungendo i quarti di finale nel 2018 e nel 2019.
L'MD Nagasaki è stata promossa in J2 League, la seconda divisione del campionato giapponese, per la prima volta nel 2013, dopo aver vinto il campionato di J3 League. Ha partecipato alla J2 League per tre stagioni, fino a retrocedere in J3 League al termine della stagione 2015.
Nel 2017, l'MD Nagasaki ha vinto nuovamente il campionato di J3 League, tornando in J2 League dopo un'assenza di due anni. La squadra ha ottenuto il terzo posto nella J2 League 2018, qualificandosi per i play-off promozione-retrocessione, ma è stata sconfitta dal V-Varen Nagasaki nei quarti di finale.
Nella stagione 2019, l'MD Nagasaki ha concluso il campionato di J2 League al quarto posto, qualificandosi nuovamente per i play-off promozione-retrocessione. Questa volta, la squadra ha raggiunto la finale, dove è stata sconfitta dal Kashiwa Reysol, mancando la promozione in J1 League.
L'MD Nagasaki ha partecipato alla Coppa dell'Imperatore in diverse occasioni, raggiungendo i quarti di finale nel 2018 e nel 2019.
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