Il Lokomotiv San Pietroburgo U21 è la squadra di riserva del Lokomotiv San Pietroburgo, che gioca nella PFL, la terza serie del campionato russo di calcio.

Il club venne fondato nel 1998 e, dopo diverse stagioni nelle serie minori, nel 2009 ottenne la promozione in PFL. La miglior prestazione raggiunta dalla squadra è il terzo posto nel girone Zapad della PFL nel 2010 e nel 2014.

Lo stadio del Lokomotiv U21 è lo Stadio Petrovsky, che può ospitare fino a 21.440 spettatori.

La squadra è guidata dall'allenatore Aleksandr Alfyorov.

Alcuni dei giocatori più importanti del Lokomotiv U21 sono il centrocampista Aleksandr Golovin, l'attaccante Anton Zabolotny e il difensore Kirill Nababkin.