La nazionale di calcio femminile dell'Estonia è la squadra nazionale di calcio femminile dell'Estonia. È posta sotto l'egida della Federazione calcistica dell'Estonia (EJL).
Come membro dell'UEFA partecipa a vari tornei di calcio internazionali, come al Campionato mondiale FIFA e al Campionato europeo UEFA. Al 24 giugno 2016 occupa l'83ª posizione nel Ranking FIFA.