Lo Zenit San Pietroburgo U21 è una squadra di calcio russa di San Pietroburgo militante nel campionato di calcio russo di terza serie. Si tratta della squadra riserve dello Zenit San Pietroburgo.
La squadra è stata fondata nel 1994 e ha preso parte alla prima edizione della terza serie russa, la Seconda Divisione, vincendola. Nella stagione successiva, la squadra ha ottenuto la promozione in Prima Divisione, ma è retrocessa immediatamente.
Dalla stagione 2006, la squadra ha partecipato alla National Youth Football League, il campionato per squadre riserve delle squadre della Premier League russa. Nella stagione 2017-2018, la squadra ha vinto il campionato per la prima volta.
Lo Zenit San Pietroburgo U21 ha disputato anche alcune partite internazionali, tra cui l'edizione inaugurale della UEFA Youth League nella stagione 2013-2014, in cui ha raggiunto gli ottavi di finale.
La squadra gioca le sue partite casalinghe allo Stadio Petrovsky, lo stesso stadio della prima squadra dello Zenit San Pietroburgo.
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