Per 1965-1967 questo club era noto come "Fergana" dal nome della città di Fergana in Uzbekistan. Poi ha cambiato il suo nome in "Neftchy" (cioè "lavoratore del petrolio") perché quella regione era nota per la sua industria petrolifera e del gas. Nel 1978 ha cambiato nuovamente il suo nome, questa volta in "Pakhtakor" (cioè "lavoratore del cotone") per celebrare la prospera industria del cotone della regione. Nel 1982 ha ribattezzato ancora una volta il club "Fergana". Nel 1989, quando l'Uzbekistan dichiarò l'indipendenza dall'Unione Sovietica, il club cambiò nome in "Neftchi" e lo rappresentò nel Campionato sovietico di calcio. Poiché l'Uzbekistan non aveva il proprio campionato di calcio, le squadre uzbeke dovevano giocare nella seconda e terza divisione del campionato sovietico. Dopo la dissoluzione dell'URSS, l'Uzbekistan ha finalmente formato il proprio campionato di calcio, noto come Oliy Liga. Nel 1992 le squadre uzbeke decisero di separarsi dal campionato sovietico e di entrare a far parte della neonata Oliy Liga. Il Neftchy ha partecipato alla Oliy Liga dal 1992 al 2000. Il club ha vinto il campionato uzbeko nel 1992. Nel 1997 ha cambiato nuovamente il suo nome, questa volta in "Pakhtakor Tashkent".
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