FC Balti

Squadre che disputavano i campionati regionali nella città erano presenti fin dagli anni cinquanta. Nel 1984 fu stabilito che la Repubblica Socialista Sovietica Moldava poteva schierare tre squadre nella seconda divisione del campionato di calcio sovietico e venne quindi fondata la Zarea Bălți che disputò i campionati inferiori fino all'indipendenza della Moldavia senza peraltro raggiungere risultati eclatanti. L'allenatore era Ivan Danilianț, futuro allenatore della nazionale moldava.

Nel 1991 cambia nome in Olimpia Bălți e l'anno successivo partecipa al neonato campionato moldavo di calcio terminando al nono posto su dodici partecipanti. Per tutti gli anni novanta disputa campionati di centro classifica con l'eccezione del 1994-95 quando termina terzo. Viene retrocesso in Divizia A nel 2000-2001 essendo arrivato ultimo. Nella seconda serie gioca 5 stagioni venendo promosso nel 2005-2006 pur arrivando terzo in classifica poiché ai primi due posti si erano classificate le seconde squadre dello Sheriff e dello Zimbru che non potevano essere promosse. Nel 2009-10 eguaglia la propria miglior prestazione con un terzo posto che la qualifica per la prima volta alle coppe europee.

Nel 2019, a causa della mancanza di finanziamenti da parte dell'associazione pubblica che gestiva la società, il club è rimasto senza fondi, con un debito di oltre 1 milione di leu. Per tale motivo, la società ha dichiarato bancarotta e al suo posto è stata creata una nuova società, denominata FC Bălți, che prosegue la tradizione sportiva dello Zaria e della città di Bălți.

Nel 2021, la società vince il campionato moldavo di seconda divisione e torna in massima serie, a distanza di tre anni dall'ultima apparizione.