Il Pohja Tallinna FC è una squadra di calcio estone con sede a Tallinn, capitale dell'Estonia. Attualmente milita nella Esiliiga, la seconda divisione del campionato estone di calcio.
Il club è stato fondato nel 1990 con il nome di Lelle SK. Nel 1997 si fonde con il Tallinna Sadam e assume il nome di Tallinna Sadam-Lelle. Nel 2002 viene acquistato da un gruppo di imprenditori locali e assume l'attuale denominazione.
Il Pohja Tallinna FC ha disputato la Meistriliiga, la massima divisione del campionato estone, per un totale di 10 stagioni, dal 2003 al 2012. Il miglior risultato ottenuto è un quarto posto nella stagione 2008.
Il club ha vinto la Coppa d'Estonia una volta, nel 2008. Ha inoltre vinto la Supercoppa d'Estonia due volte, nel 2008 e nel 2009.
Il Pohja Tallinna FC ha partecipato alla Coppa UEFA per due volte, nel 2008 e nel 2009. In entrambe le occasioni è stato eliminato al primo turno.
Il club disputa le partite casalinghe allo stadio Kadriorg, che ha una capacità di 5.000 spettatori.
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