L'FC Rapperswil-Jona II è la squadra riserve del FC Rapperswil-Jona, un club calcistico svizzero con sede a Rapperswil-Jona, nel Canton San Gallo. La squadra milita nella Prima Lega (terzo livello del campionato svizzero di calcio) ed è allenata da Angelo Stillo.
Il club nasce nel 1928 dalla fusione dell'FC Kreuzlingen e dell'FC Frauenfeld. Nel 2006, il club cambia nome in FC Rapperswil-Jona. La squadra riserve viene fondata nel 2010.
Il FC Rapperswil-Jona II gioca le partite casalinghe allo stadio Grünfeld di Rapperswil-Jona. Il club ha una grande rivalità con l'FC Wil II, altra squadra riserve di un club svizzero di Super League.
Nella stagione 2022-2023, il FC Rapperswil-Jona II ha vinto il campionato di Prima Lega e ha ottenuto la promozione in Challenge League (secondo livello del campionato svizzero di calcio). Questa è la prima volta che la squadra riserve riesce a ottenere la promozione in Challenge League.
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