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Il Club Atlético Boca Juniors è una squadra di calcio femminile argentina, sezione dell'omonima società polisportiva con sede nella città di Buenos Aires.
Fondata nel 1990, milita in Primera División A, massima categoria nazionale a cui prende parte ininterrottamente a partire dalla sua fondazione, e di cui è il club più vincente con 23 titoli conquistati.
La sezione femminile del Boca Juniors nasce ufficialmente nel 1990 e l'anno seguente prende parte alla prima edizione del campionato argentino riservato alle squadre femminili, dove si classifica secondo alle spalle del River Plate.
Nel 1992 vince il suo primo titolo nazionale, dopodiché seguono cinque anni consecutivi al secondo posto e cinque vittorie consecutive, contendendosi la vittoria finale sempre con il River Plate. Nei decenni successivi si conferma come squadra di vertice vincendo altri campionati, che dal 2001 al 2014 assumono il format apertura/clausura, affrontando altre squadre emergenti come Independiente, San Lorenzo e UAI Urquiza oltre al River Plate.
Nel 2010 prende parte per la prima volta alla Coppa Libertadores femminile, trofeo giunto alla sua seconda edizione, terminando al terzo posto.
Nel 2019 gioca il suo primo incontro alla Bombonera, sconfiggendo per 5-0 il Lanús.