L'FC Brno U21 è una squadra di calcio giovanile della Repubblica Ceca con sede a Brno, che gioca nella Moravskoslezská fotbalová liga, la terza divisione del campionato ceco. La squadra è la squadra riserve dell'FC Brno, che gioca nella Fortuna liga, la massima divisione del campionato ceco. L'FC Brno U21 è stata fondata nel 1919 come squadra giovanile dell'SK Židenice, uno dei club fondatori della Federazione calcistica della Cecoslovacchia. Nel 1931, l'SK Židenice si fuse con l'SK Moravská Slavia Brno per formare l'SK Židenice-Moravská Slavia Brno. Questa squadra fu ribattezzata FC Brno nel 1938. L'FC Brno U21 ha vinto il campionato di Moravia-Slesia due volte, nel 1948 e nel 1950. La squadra ha anche vinto la Coppa della Moravia-Slesia nel 1949. L'FC Brno U21 è una delle squadre giovanili di maggior successo della Repubblica Ceca. La squadra ha prodotto numerosi giocatori che hanno continuato a giocare per la Nazionale ceca, tra cui Jan Koller, Pavel Nedvěd e Petr Čech.