L'Alyans Lyubertsy è una squadra di calcio russa della città di Lyubertsy nell'oblast' di Mosca. Fondata nel 2003, attualmente milita nel girone 3 della Seconda Divisione russa, ovvero il terzo livello del campionato russo di calcio.
Il club è nato dalla fusione di due squadre locali, l'Alyans e la Lyubertsy. L'Alyans era stata fondata nel 1991 e aveva militato per diversi anni nelle divisioni inferiori russe, mentre la Lyubertsy era stata fondata nel 1998 e aveva militato per due stagioni in Seconda Divisione.
Nella stagione 2003, l'Alyans Lyubertsy ha vinto il girone 3 della Seconda Divisione russa ed è stato promosso in Prima Divisione. Nella stagione 2004, la squadra ha disputato il girone Ovest della Prima Divisione, classificandosi al 10º posto. Nella stagione 2005, l'Alyans Lyubertsy ha disputato il girone Centro della Prima Divisione, classificandosi al 13º posto.
Nella stagione 2006, l'Alyans Lyubertsy è stato retrocesso in Seconda Divisione. Nella stagione 2007, la squadra ha disputato il girone Centro della Seconda Divisione, classificandosi al 10º posto. Nella stagione 2008, l'Alyans Lyubertsy ha disputato il girone Ovest della Seconda Divisione, classificandosi al 12º posto.
Nella stagione 2009, l'Alyans Lyubertsy ha disputato il girone Centro della Seconda Divisione, classificandosi al 14º posto. Nella stagione 2010, la squadra ha disputato il girone Ovest della Seconda Divisione, classificandosi al 13º posto. Nella stagione 2011-2012, l'Alyans Lyubertsy ha disputato il girone Centro della Seconda Divisione, classificandosi al 14º posto.
Nella stagione 2012-2013, l'Alyans Lyubertsy ha disputato il girone Ovest della Seconda Divisione, classificandosi al 12º posto. Nella stagione 2013-2014, la squadra ha disputato il girone Centro della Seconda Divisione, classificandosi al 14º posto. Nella stagione 2014-2015, l'Alyans Lyubertsy ha disputato il girone Ovest della Seconda Divisione, classificandosi al 13º posto.
Nella stagione 2015-2016, l'Alyans Lyubertsy ha disputato il girone Centro della Seconda Divisione, classificandosi al 14º posto. Nella stagione 2016-2017, la squadra ha disputato il girone 3 della Seconda Divisione russa, classificandosi al 13º posto. Nella stagione 2017-2018, l'Alyans Lyubertsy ha disputato il girone 3 della Seconda Divisione russa, classificandosi al 12º posto.
Nella stagione 2018-2019, l'Alyans Lyubertsy ha disputato il girone 3 della Seconda Divisione russa, classificandosi al 13º posto. Nella stagione 2019-2020, la squadra ha disputato il girone 3 della Seconda Divisione russa, classificandosi al 12º posto. Nella stagione 2020-2021, l'Alyans Lyubertsy ha disputato il girone 3 della Seconda Divisione russa, classificandosi all'11º posto.
Nella stagione 2021-2022, l'Alyans Lyubertsy ha disputato il girone 3 della Seconda Divisione russa, classificandosi all'11º posto. Nella stagione 2022-2023, la squadra sta disputando il girone 3 della Seconda Divisione russa.